在这世界上，存在着SR少女。
特殊（Special）、珍贵（Rare）的女生——意味着无比罕见。
SR少女……乃是世上独一无二的女孩。

由于其特异性，就连SR少女自己都无法理解自身究竟是怎样的存在。
对自我深感困惑，身份认同摇曳不定。
若想解决此等问题，“成长”便不可或缺。
能令她们成长的并非周遭的大人，而是当世绝无仅有的少年。

主人公高远光希每天都在努力打工。
然而某天，他却被突然出现的可疑人士们带走，来到了『圣玛丽安娜女学院』。
在此，他得知了震撼的真相。
他，亦是SR——这一事实。

面对妄图以「我的眼里只有打工……」来推脱的主人公，学院的校长斩钉截铁地告诉他。
「你理应投入的工作并非打工」
「你最重要的工作、最能绽放光辉的工作，即是帮助SR少女成长」

就这样——“协助SR少女成长”的全新生活，拉开序幕。